Harjamäessä aloitti vuonna 1964 toimintansa henkilökunnan virkistys- ja urheiluseurana Harjamäen Kerhon Palloilijat –niminen yleisseura, jossa pelattiin mm. lentopalloa, koripalloa ja jalkapalloa. Siilinjärven Palloseura ry (SiPS) perustettiin vuonna 1974 jatkamaan HKP:n toimintaa. Koripallo oli mukana seuran toiminnassa vuoteen 1975 saakka, jolloin perustettiin koripallon erikoisseura Esab.
Siilinjärven Palloseuran 40-vuotisen historian aikana ovat puheenjohtajina toimineet mm. Esko Poutiainen toistakymmentä vuotta, Teppo Berg, Matti Kauhanen, Ismo Puurunen, Jarmo Komulainen ja Markku Romppanen. Vuodesta 2001 vuoteen 2008 seuran puheenjohtajana toimi Mauri Roivainen. Hänen jälkeensä tuli seuran puheenjohtajaksi Mauno Räty ja vuoden 2010 alusta seuraa on johtanut Kari Kesti. Seuran perustamisesta aina vuoteen 1992 saakka toimi seuran sihteerinä Urpo Häkkinen.
Seuran edustusjoukkue on aiemmin pelannut III divisioonassa vuosina 1991 ja 1997. Nykyinen jakso III divisioonassa on kestänyt vuodesta 1999 lähtien. Nousukarsinnat II divisioonaan ovat olleet parina viime vuonna varsin lähellä ja vuonna 2005 jo käytiin karsinnassa.
Vuonna 2007 seuran edustusjoukkue lakkautettiin kahdeksi vuodeksi, mutta vuonna 2009 seura palasi neloseen ja kauden päätyttyä seura oli palannut Kolmoseen.
Seuralla on useina vuosina ollut myös ikämiesjoukkue, joka on tällä hetkellä muodostettu yli 40-vuotiaiden JKKI-sarjaan.
Siilinjärven Palloseuran junioritoiminta oli toiminnan alkuvaiheessa varsin vähäistä ja loppui kokonaan 1980-luvun lopulla. Vuoteen 1987 saakka seuralla oli piirisarjoissa 1-3 joukkuetta, vuosina 1988-1989 junioritoiminta loppui käytännössä kokonaan. Vuonna 1990 muutama seura-aktiivi (pelaajat Panu Myöhänen, Kai Pehkonen, Jarmo Komulainen, Ilkka Komulainen ja seuran silloinen puheenjohtaja Esko Poutiainen) käynnisti harjoitustapahtumat kolmelle eri junioriryhmälle. Ikähaitari oli varsin suuri ryhmien sisälläkin, ja piirisarjatoiminnasta vasta haaveiltiin. Seuraavana vuonna saatiin toimintaan mukaan kymmenvuotiaitten poikien ryhmää vetämään koko Siilinjärven Palloseuran junioritoiminnan "isä" Raimo Hyart. Raimon omia sanoja lainaten hän tuli toimintaan mukaan, kun kentällä oli pelaajia eikä valmentaja saapunutkaan paikalle - jonkun piti panna harjoitukset ja pelit käyntiin. Joukkue eli kymmenvuotiaat pojannassikat aloittivat piirisarjassa pelaamisen voittamatta silloin yhtään ottelua.
Seuraavana vuonna kolme SiPS:n joukkuetta pelasi piirisarjaa ja muutama voittokin saatiin jo aikaiseksi. Myöhäsen Panu vetämä 1984 syntyneitten poikien joukkue osallistui Kuopion Palloseuran järjestämään korttelisarjaan. Koko harjoitus- ja pelitoimintaan pyöritti 3-4 henkilöä.
90-luvun puolivälin jälkeen seuran nuorisotoiminta eriytettiin omaksi talousyksikökseen ja joukkueiden taustahenkilöiden määrä saatiin kasvamaan, jolloin joukkueet saatiin toimimaan itsenäisesti. Joukkueen valmentajat kävivät koulutuksissa, jolloin myös ohjaustoiminnan taso kehittyi.
Vuodesta 1992 alkaen joukkueet alkoivat osallistua lähialueen turnauksiin, ja seuraavana vuonna SiPS järjesti ensimmäiset omat turnaukset. Vanha sanonta ”matkailu avartaa” tarkoittaa seuratasolla erilaisiin turnauksiin osallistumista oman alueen ulkopuolella. Vuonna 1994 seurasta osallistui joukkueita Kokkola Cupiin ja samassa turnauksessa saatiin myös kosketus kansainväliseen jalkapalloon, kun Jäppisen Jorkin 15-vuotiaiden poikien joukkue pelasi Visby Cuten joukkuetta vastaan, toisin häviten niukasti 0-6.
Junioritoimintaa lähdettiin kuitenkin tietoisesti kehittämään satsaamalla nuorimpiin ikäluokkiin päätyen I-junioreihin. Linjanveto osoittautui oikeaksi; vanhemmista saatiin kouluttamalla valmentajat pienten poikien joukkueisiin. Vuonna 1996 tehtiin uusi aluevaltaus ja aloitettiin tyttö- ja naisjalkapallo-toiminta. Junioritoiminnan kautta on viime vuosina alettu saada omia kasvatteja edustusjoukkueeseen.
2016 SiPS:n seuratoiminnassa on yli 150 juniori-ikäistä pelaajaa ja 7 juniori-ikäisten joukkuetta piirisarjoissa. Lisenssin maksaneitten määrästä viidesosa on tyttö- ja naispelaajia. Seura liikuttaa joka viikko yli 200 henkilöä. Kaiken kehittymisen takana on valtava määrä vapaaehtoistoimijoita (nuorten valmentajia, lasten ohjaajia, joukkueiden taustahenkilöitä sekä lasten ja nuorten vanhempia). Pelkästään joukkueiden toimihenkilöitä on n. 50.
Omia turnauksia järjestetään edelleen, mutta niiden määrä on ollut selvästi laskussa. Joukkueet suuntaavat ulkomaille erilaisiin turnauksiin ja harjoitusleireille. Seuran kaikilla joukkueilla on omat tilinsä ja he keräävät toimintaansa tarvittavat eurot itsenäisesti.